発掘調査等により判明するも、地表面に痕跡のない塔婆遺跡
| 所属 | 塔種 | 時代 | 所在地 | 補足 | 指定 | |
| 堂の前遺跡（国分寺） | 層塔 | 平安 | 山形 | 酒田市法蓮寺 （旧 八幡町） |
筏地形を確認 | 国史跡 |
| 郡山台廃寺 | 層塔 | 奈良 | 福島 | 二本松市 | 基壇を確認 | |
| 結城廃寺 | 層塔 | 奈良 | 茨城 | 結城市上山川字古屋敷 | 心礎他基壇を確認 | 国史跡 |
| 伽藍御堂廃寺 | 層塔 | 平安 | 茨城 | 石岡市府中 | 心礎石（自然石式）以下、全礎石が完存していたが、宅地化で散逸 | |
| 茨木寺（茨城廃寺） | 層塔 | 奈良 | 茨城 | 石岡市貝地二丁目 | 法隆寺式伽藍配置 | |
| 下野薬師寺 | 層塔 | 白鳳 | 栃木 | 下野市薬師寺 （旧 下都賀郡南河内町） |
１９９５年の発掘で確認 塔婆遺跡に情報有り |
国史跡 |
| 権現山廃寺 | 層塔 | 平安 | 茨城 | 桜川市真壁町真壁 （旧 筑波郡真壁町） |
埋没（礎石の盗難を恐れて荒れるに任せる） | 町史跡 |
| 木下別所廃寺 | 層塔 | 白鳳 | 千葉 | 印西市別所 | 基壇を確認、法起寺式伽藍配置 | |
| 旧唐招提寺 | 層塔塔心礎 | 平安 | 東京 | 文京区開口 | 椿山荘内にあったが破壊 | |
| 上の台廃寺 | 層塔 | 奈良 | 神奈川 | 海老名市 | 開発により破壊 | |
| 長者原廃寺 | 層塔 | 新潟 | 上越市今池 | 破壊 | ||
| 十劫院 | 層塔 | 石川 | 鹿島郡鳥屋町 | 詳細不明 | ||
| 真光寺 | 層塔 | 鎌倉 | 福井 | 福井市片山町 （旧 丹生郡清水町） |
発掘時に見学 | |
| 神宮寺 | 層塔 | 福井 | 小浜市神宮寺 | 発掘時に見学 | ||
| 興道寺廃寺 | 層塔 | 福井 | 三方郡美浜町興道寺 | 基壇を確認、法起寺式伽藍 | ||
| 竹林寺 | 層塔 | 奈良 | 静岡 | 島田市南原 | ||
| 宮処寺 | 層塔 | 岐阜 | 不破郡垂井町字笹原 | |||
| 東畑廃寺 | 層塔 | 古代 | 愛知 | 稲沢市稲島町東畑 | 版築 | |
| 黒岩廃寺 | 層塔 | 愛知 | 一宮市浅井町黒岩 | |||
| 薬師堂廃寺 | 層塔 | 愛知 | 岩倉市川井町薬師堂 | 塔心礎 | ||
| 元興寺 | 層塔 | 愛知 | 名古屋市中区正木 | 水煙 | ||
| 堂垣内廃寺 | 層塔 | 三重 | 伊賀市佐那具町堂垣内 （旧 上野市） |
塔心礎 | ||
| 三田廃寺 | 層塔 | 三重 | 伊賀市三田 （旧 上野市） |
明治期まで遺構残存 | ||
| 額田廃寺 | 層塔 | 白鳳 | 三重 | 桑名市額田 | 基壇を確認、法隆寺式伽藍 | 県史跡 |
| 南小山廃寺 | 層塔 | 古代 | 三重 | 多度町小山 | 心礎石？ | |
| 智積廃寺 | 層塔 | 三重 | 四日市市智積 | |||
| 八太廃寺 | 層塔 | 三重 | 一志郡一志町八太 | 心礎石 | ||
| 天華寺廃寺 | 層塔 | 三重 | 松坂市嬉野天花寺町 （旧 一志郡嬉野町） |
基壇を確認、法隆寺式伽藍 | ||
| 安養寺廃寺 | 層塔 | 滋賀 | 近江八幡市安養寺町 | 大正期まで遺構残存 | ||
| 高宮廃寺 | 層塔 | 滋賀 | 彦根市高宮町 | 塔心礎 | ||
| 穴太廃寺 | 層塔 | 創建 | 滋賀 | 大津市穴太 | 基壇を確認 | 国史跡 |
| 穴太廃寺 | 層塔 | 再建 | 滋賀 | 大津市穴太 | 基壇を確認 | 国史跡 |
| 大宝寺跡 | 層塔 | 滋賀 | 高島市新旭町安井川 （旧 高島郡新旭町） |
土壇を確認 | ||
| 北白川廃寺 | 層塔 | 京都 | 京都市左京区北白川 | 基壇を確認 | ||
| 法金剛院 | 三重塔 | 平安 | 京都 | 京都市右京区花園扇野町 | 基壇を確認、破壊 | |
| 南春日町遺跡 | 層塔 | 京都 | 京都市西京区南春日町 | 基壇と心礎石を確認 | ||
| 大宅廃寺 | 層塔 | 京都 | 京都市山科区大宅奥山田 | 基壇を確認 | ||
| 深草（おうせんどう）廃寺 | 層塔 | 京都 | 京都市伏見区 | 心礎石は戦後に不明 | ||
| 浄妙寺 | 多宝塔 | 平安 | 京都 | 宇治市木幡 | 基壇を確認 | |
| 大鳳廃寺 | 層塔 | 京都 | 宇治市莵道 | 基壇を確認 | ||
| 泉橋寺 | 層塔 | 京都 | 木津川市山城町上狛 （旧 相楽郡山城町） |
心礎は売却 | ||
| 桑寺廃寺 | 層塔 | 京都 | 亀岡市千代川町北ノ庄 | 基壇を確認 | ||
| 堂ヶ芝廃寺 | 層塔 | 白鳳 | 大阪 | 大阪市天王寺区 | 塔心礎等、亡失 | |
| 九頭神廃寺 | 層塔 | 大阪 | 枚方市招提中町 | 基壇を確認 水煙の破片が出土 | ||
| 高井田廃寺 | 層塔 | 大阪 | 柏原市高井田 | 塔心礎等を確認 | ||
| 旧清遺跡 | 塔 | 中世 | 兵庫 | 宝塚市売布 | 基壇を確認 | |
| 櫛田廃寺 | 層塔 | 兵庫 | 佐用郡佐用町櫛田 | |||
| 野口廃寺 | 層塔 | 兵庫 | 加古川市野口 | 基壇を確認 | ||
| 野村廃寺 | 層塔 | 奈良 | 兵庫 | 西脇市野村町字上ノ段 | 基壇を確認 | |
| 殿原廃寺 | 層塔 | 兵庫 | 加西市殿原 | 国府寺正門西脇の土壇は消滅 | ||
| 繁昌廃寺 | 東層塔 | 兵庫 | 加西市繁昌町 | 基壇を確認 | ||
| 繁昌廃寺 | 西層塔 | 兵庫 | 加西市繁昌町 | 基壇を確認 | ||
| 野条廃寺 | 東層塔 | 兵庫 | 加西市野条町 | |||
| 河合廃寺 | 層塔 | 兵庫 | 小野市河合中町 | 心礎石は地中 | ||
| 新部廃寺 | 西塔心礎 | 兵庫 | 小野市新部町 | 心礎石の所在不明 | ||
| 願興寺 | 層塔 | 奈良 | 天理市和迩 | 基壇を確認 | ||
| 横井廃寺 | 層塔 | 奈良 | 奈良市横井 | |||
| 西大寺 | 西五重塔 | 奈良 | 奈良市西大寺 | |||
| 片岡王寺 | 層塔 | 奈良 | 北葛城郡王寺町本町 | 明治期まで遺構が残存 | ||
| 地光寺 | 層塔 | 奈良 | 葛城市笛吹 （旧 北葛城郡新庄町） |
基壇を確認 | ||
| 紀寺 | 層塔 | 奈良 | 高市郡明日香村小山 | 心礎石は亡失 | ||
| 坂田寺 | 層塔 | 高市郡明日香村阪田 | 基壇を確認 | |||
| 北山廃寺 | 層塔 | 和歌山 | 紀の川市貴志川町北山 （旧 那賀郡貴志川町） |
心礎石は地中 | ||
| 野方廃寺 | 層塔 | 鳥取 | 東伯郡湯梨浜町藤津 （旧 東郷町） |
心礎石は不明 | ||
| 服部廃寺 | 層塔 | 岡山 | 瀬戸内市長船町服部 | |||
| 日畑廃寺 | 層塔 | 岡山 | 倉敷市日畑 | |||
| 楢原廃寺 | 層塔 | 岡山 | 美作市楢原中 （旧 英田郡美作町） |
基壇を確認 | ||
| 明官地廃寺 | 層塔 | 広島 | 安芸高田市吉田町中馬明官地 （旧 英田郡美作町） |
心礎石、基壇を確認 一辺８．７ｍ |
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| 中谷廃寺 | 層塔 | 広島 | 福山市神辺町道上 （旧 深安郡神辺町） |
基壇を確認 塔一辺１１．７ｍ | ||
| 濡田廃寺 | 層塔 | 山口 | 柳井市新庄安行 | 塔心礎が明治期まで現存 | ||
| 極楽寺廃寺 | 層塔 | 香川 | さぬき市寒川町石田東 | |||
| 白峯寺別所跡 | 三重塔 | 中世 | 香川 | 坂出市青海町 | 礎石を確認 | |
| 上坂廃寺 | 層塔 | 福岡 | 京都郡みやこ町上坂 （旧 豊津町） |
塔心礎は地中 | ||
| 天台寺跡 | 層塔 | 福岡 | 田川市伊田 | 塔心礎、塔跡は地中 史跡公園計画中というが、見通しなし | ||
| 筑後国分寺 | 層塔 | 奈良 | 福岡 | 久留米市国分町 | 基壇を確認 | |
| 塔の塚廃寺 | 層塔 | 奈良 | 佐賀 | 三養基郡上峰町 | 基壇は破壊 | |
| 壱岐島分寺 | 層塔 | 奈良 | 長崎 | 壱岐市芦辺町国分本村触 （旧 壱岐郡芦辺町） |
基壇を確認 | |
| 万寿寺 | 五重塔 | 中世 | 大分 | 大分市大分 | 国史跡 | |